Le SE, véritable poumon opérationnel du FONAREDD, assure la continuité opérationnelle et la mise en œuvre concrète des orientations stratégiques. Placé sous la supervision directe du Ministère des Finances et aligné sur les priorités du Ministère de l’Environnement, il agit comme interface permanente entre les décideurs politiques, les partenaires techniques et les bénéficiaires des programmes. Le SE s’appuie sur une structure renforcée : un pool d’experts techniques spécialisés en REDD+, des unités dédiées à la programmation, au suivi des portefeuilles et aux finances, ainsi qu’un recrutement compétitif des équipes, assuré par le gouvernement congolais avec le soutien des contributeurs.

En tant que gestionnaire national du Fonds, le SE coordonne les activités quotidiennes, assure la conformité aux standards REDD+ et aux sauvegardes sociales/environnementales, et gère le budget de fonctionnement via un projet administré par une agence des Nations Unies, validé par le Comité de pilotage technique. Son efficacité repose sur un suivi rigoureux des portefeuilles, une supervision des agences d’exécution, et un mécanisme de dialogue institutionnel avec CAFI et les contributeurs pour ajuster les programmes aux défis émergents.