Le comité de pilotage du Fonds est l’organe décisionnaire du Fonds. Il fournit les orientations stratégiques pour la programmation du FONAREDD et valide l’ensemble des décisions programmatiques et financières.
Il supervise le fonctionnement et la performance des deux autres structures du Fonds : le Comité de Revue des Programmes à qui il délègue la validation de la conformité et la qualité technique des programmes et le Secrétariat Exécutif à qui il délègue l’exécution et le suivi de ses décisions à travers la gestion quotidienne, la programmation et la gestion du portefeuille du Fonds.
Pour renforcer son efficacité, le Comité de pilotage sera composé de deux niveaux, à savoir ;un niveau politique appelé comité depilotage. Politique et d’une chambre technique appelée comité de pilotage technique.