La gouvernance stratégique, programmatique et financière du FONAREDD dans sa version révisée reste assurée par trois Organes :

1. Comité de Pilotage (COPIL) 

Le COPIL est l’Organe d’orientation stratégique et de décision. Il est composé de membres provenant du Gouvernement de la RDC (Présidence, Primature et ministères impliqués dans la mise en œuvre de la REDD+), des partenaires financiers actuels du FONAREDD contributeurs au Fonds (CAFI notamment), du Coordonnateur Résident du système des Nations-Unies, du Représentant de la Société civile et du Représentant du secteur privé.

2. Le Comité de Revue des Programmes (CRP)

Le CRP est l’Organe de contrôle de la qualité technique et la conformité aux standards REDD du portefeuille du FONAREDD pendant les étapes structurantes et contractuellement engageantes sur délégation du Comité de Pilotage auquel il rapporte.

3. Le Secrétariat Exécutif (SE)

Le SE est l’Organe permanent du Fonds. Il assure le fonctionnement quotidien du Fonds et l’interface entre les autres Organes de Gouvernance ainsi qu’avec les partenaires d’exécution et toute autre partie prenante non-membre de la gouvernance du Fonds. Son équipe travaille à 100% pour le SE et son budget (incluant les frais de fonctionnement de toutes les structures de gouvernance du Fonds) est couvert à 100% par les ressources du Fonds.